Η ανθρώπινη παρουσία στο νησί χρονολογείται ήδη από τους Μεσολιθικούς Χρόνους και οι ανασκαφές έχουν δείξει, ότι πιθανόν στην Κύθνο να υπήρχε η αρχαιότερη εγκατάσταση στο χώρο των Κυκλάδων. Η Κύθνος έβαλε τον δικό της «θεμέλιο λίθο» στον Κυκλαδικό πολιτισμό, καθώς αποτελούσε τον κύριο προμηθευτή χαλκού, το βασικό μέταλλο για την κατασκευή πάσης φύσεως εργαλείων, αγγείων και κοσμημάτων. Οι μέχρι τώρα έρευνες έφεραν στο φως σπουδαία αρχαιολογικά ευρήματα και έχουν επικεντρωθεί κυρίως στη θέση Βρυόκαστρο. Εκτός απο την αρχαιολογικη έρευνα που διεξάγεται τα τελευταία χρόνια στο Βρυόκαστρο σπουδαίοι αρχαιολογικοί χώροι βρίσκονται διάσπαρτοι στο νησί. Στη απόκρημνη βορειοανατολική πλευρά του νησιού στην θέση Σκουριές έχουν ανακαλυφθεί 20 κυκλικές κατασκευές από σχιστόπλακες οι οποίες περικλείουν μεταλλευτικούς κλιβάνους όπως και ένα ορυχείο εξόρυξης χαλκού που χρονολογείται περίπου στο 3.000 π.Χ. Στην περιοχή Κάστελλα στο νοτιοδυτικό μέρος του νησιού και κοντά στην παραλία Κάστελλα έχει ανακαλυφθεί αρχαία ακρόπολη και η ανασκαφή έδειξε πως ιδρύθηκε κατά τους πρώιμους ιστορικούς χρόνους και εγκαταλείφθηκε στο τέλος της αρχαϊκής περιόδου. Στη βορειοανατολική πλευρά του νησιού κοντά στα Λουτρά ο αρχαιολογικός χώρος του Μαρουλά είναι ο μοναδικός υπαίθριος οικισμός αυτής της περιόδου που έχει βρεθεί στην Ελλάδα. Αποτελείται από κυκλικές κατοικίες και τάφους. Το πιο πιθανό είναι να ήταν ορμητήριο ή σταθμός ανεφοδιασμού. Εδώ κατά τη διάρκεια της ανασκαφής αποκαλύφθηκαν περίπου 30 πλακόστρωτα δάπεδα τα οποία ανήκαν σε κάποιο κατάλυμα. Επιπλέον βρέθηκαν και δύο ημιυπόγειες κατασκευές μέσα σε κοιλότητες βράχου. Δυστυχώς μέρος του αρχαιολογικού χώρου έχει καταστραφεί από τη διάβρωση που έχει υποστεί από τη θάλασσα ενώ η συνολική έκταση υπολογίζεται στα 2 στρέμματα. Το Κάστρο της Ωριάς βρίσκεται στο βόρειο μέρος του νησιού πολύ κοντά στη Χώρα. Ήταν η πρωτεύουσα του νησιού κατά τον Μεσαίωνα από τον 7ο έως τον 16ο αιώνα μ.Χ.. Η θέση αυτή φαίνεται πάντως να κατοικούνταν από τους προϊστορικούς χρόνους. Σήμερα φαίνονται μόνο τα ερειπωμένα τείχη και κάποιες ερειπωμένες κατοικίες.
Αρχαιολογικός Χώρος Βρυοκάστρου Κύθνου
Βρυόκαστρο, η αρχαία πρωτεύουσα του νησιού, στα ΒΔ του νησιού, η ομώνυμη σύμφωνα με τις αρχαίες πηγές Κύθνος ονομάζεται σήμερα Βρυόκαστρο κατέχει σημαντικότερη θέση στους ιστορικούς χρόνους...
Στην περιοχή Κεφαλόκαστρο (γνωστή με τις ονομασίες Κάστρο του Κατακέφαλου, Παλαιόκαστρο, Κάστρο της Ωριάς ή της Ωργιάς) στο βορειοδυτικό άκρο της Κύθνου....
Σαφέστατα ο Μαρουλάς της Κύθνου διεκδικεί εξέχουσα θέση στον παγκόσμικο χάρτη της παλαιοανθρωπολογίας. Πρώτη φορά εμφανίζεται υπαίθρια τοποθεσία με κτιστές κατασκευές της Μεσολιθικής περιόδου στον ελλαδικό χώρο -και μάλιστα στην περιοχή του Αιγαίου....
